Fen Bilimleri Enstitüsü; 22.05.2008 tarih ve 5765 sayılı kanunla kabul edilen ve 31.05.2008 tarihli ve 26892 sayılı Resmi Gazetede yayınlanan Ek 100. Maddeye göre Iğdır Üniversitesi Rektörlüğü’ne bağlı bir kurum olarak 2008 yılında kurulmuştur. Enstitümüz 2016 yılı itibari ile Bahçe Bitkileri, Bitki Koruma, Biyosistem Mühendisliği,  Gıda Mühendisliği, Tarla Bitkileri, Tarım Ekonomisi, Toprak Bilimi ve Bitki Besleme, Zootekni, İnşaat Mühendisliği ve Elektrik- Elektronik Mühendisliği Anabilim Dalları ve 2018 yılı Üniversitemiz Senatosu Kararı ile Yükseköğretim Kurulu Başkanlığına yapılan başvurularla Disiplinlerarası Biyomühendislik ve Bilimleri, Tarım Bilimleri ve Organik Tarım İşletmeciliği Anabilim Dalları olmak üzere 14 (On Dört) Anabilim Dalı’nda faaliyet yürütmektedir. 2010-2011 Eğitim- Öğretim yılı itibarı ile Atatürk Üniversitesi ile Lisans Üstü Eğitim Programı için ortak bir protokol imzalanmıştır. Bu protokol çerçevesinde Bahçe Bitkileri, Bitki Koruma, Tarım Ekonomisi, Toprak Bilimi ve Bitki Besleme Anabilim Dallarında Atatürk Üniversitesi ile ortak tezli yüksek lisans programları yürütülmektedir. Ayrıca Tarla Bitkileri Anabilim dalında 2013-2014 eğitim-öğretim bahar yarıyılından itibaren, doktora programı da açılmış bulunmaktadır. İnşaat Mühendisliği, Elektrik-Elektronik Mühendisliği, Anabilim Dallarında 2016-2017 Eğitim-Öğretim Güz döneminde, 2018-2019 Eğitim-Öğretim döneminde Matematik Anabilim Dalı; Tezli, Tezsiz II. Öğretim, Tezli Doktora, Zootekni Anabilim Dalı Tezli II. Öğretim ve Doktora programı, Tezsiz Yüksek Lisans programı, Tarla Bitkileri Anabilim Dalı Tezsiz Yüksek Lisans, Disiplinlerarası Biyomühendislik ve Bilimleri Tezli Yüksek Lisans, Tarım Bilimleri Tezli Yüksek Lisans ve Tezli Doktora, Organik Tarım işletmeciliği Anabilim Dalı Tezli Yüksek Lisans Programı ile öğrenci alımına başlamıştır.